По итогу вся Зельда это противостояние трех постоянно перерождающихся личностей. Ганондорф это постоянное перерождение Короля Демона Демайза, Зельда это постоянное перерождение богини Хилии, ну а Линк это ее Избранный. Предыстории у них разнятся потому что действие происходит в разных временах и вселенных, но у нынешнего Ганондорфа может быть мотивация его похожей инкарнации из (вроде бы) Twilight Princess.

У расы Гарудо рождаются только женщины, а мужики рождаются раз в столетие. Поэтому каждый рожденный мужик автоматом продвигается до статуса короля. Однако Ганондорф решил бортануть эту систему через бедро и вместо этого стал разбойником и начал рейдить всё вокруг. В качестве мотивации он цитирует то что жизнь в пустынях Гарудо вообще несладкая, и поэтому всем окружающим стоит поделиться жилплощадью с Гарудо. Набрал силы, стал сильнейшим чародеем мира, скорраптился, ну а дальше результаты мы видим